Tiempo atrás, los humanos descubrieron cerca del Mar Muerto unos manuscritos escritos, en "teoría", por la antigua generación de Lilimo (humanos) antes del Primer Impacto, ya que se supone que cada X tiempo la habitación de Gauf se vacía y todo tiene que volver a empezar (habitación de Gauf, ver en Secretos). Pues bien, en este caso se adueñaron unas personas que pretendieron cambiar el curso de lo que predecían estos manus critos, al intentar tomar un camino no escrito por Dios y compararse a este por méritos propios (y con ayuda de estos manuscritos). Lo primero que ponía era que en el año 2000 caería un gigante y que no debían despertarlo o vendrían otros como él en su búsqueda. Pues dicho gigante era Adam y al intentar convertirlo en un embrión para poder "controlarlo" y clonarlo, este enfureció y se produjo el Segundo Impacto.
Años antes en Hakone (Japón) se dieron cuenta de que, tal y como también ponía en los manuscritos , bajo tierra había un hueco en forma de huevo, donde residía otro gigante. Este era el segundo ángel y lo llamaron Lilith. Era la madre de todos los humanos, la creadora de los primeros seres humanos de esta época. Entonces, estos 12 hombres decidieron desarrollar el "Plan de Complementación Humana" y crearon una organización llamada "SEELE".
En el Año 2000, y siguiendo las predicciones de los manuscritos, SEELE envía una expedición de científicos al Polo Sur, lidereada por el Doctor Katsuragi (padre de Misato), 2 días antes de la caída del gigante.
Los pergaminos decían que si cierta lanza encontrada cerca del Mar Muerto (llamada Lanza de Longinus) hacía contacto físico con la fuente de energía del ser que caería en el 2000, el gigante se reduciría al tamaño de embrión, y este hecho retrasaría la llegada de los otros ángeles que irían cayendo desde el cosmos. Solo que el despertar del gigante causaría una terrible explosión, cosa que SEELE ocultó para cumplir su plan. Por este motivo, tuvieron que trasladar la lanza hasta el Polo Sur en donde se encontraba el ángel.
Llegado el 13 de septiembre y hallado el gigante por los científicos (llamado ADAM y calificado como el primer ángel.) se debía realizar el experimento. La versión del Dr. Katsuragi decía que si la lanza hacía contacto con la fuente de energía, el gigante obtendría vida eterna sin necesitar ningún combustible, cosa que no pasó. Durante el experimento, el despertar de ADAM causó una tremenda explosión matando a los científicos enviados por SEELE , derritiendo gran parte del hielo del polo, aumentando el nivel del mar y matando a 2000.0000.0000 de seres humanos. ADAM quedaría reducido al tamaño de un embrión y el objetivo del experimento fue satisfactorio para SEELE.
En el año 1999, SEELE había contratado a Gendo Rokubungi para realizar sus respectivos planes; el cual se casaría con una brillante estudiante de Ciencias llamada Yui Ikari y cambiaría su apellido por el de su esposa llamándose Gendo Ikari.
Llegando a un acuerdo con las Naciones Unidas, SEELE logra hacer pública la noticia de que la explosión que sucedió en el año 2000 fue a causa de la colisión de un meteorito, ocultando la versión oficial y dándole el nombre de SEGUNDO IMPACTO.
Ya en el 2003 en Hakone, SEELE crea la organización llamada GEHIRN, destinada a detener el ataque de los ángeles restantes. Para esto se construirían los EVANGELIONS, clones de ADAM, y dicho plan se daría a llamar "Proyecto E.". Al mando de la organización se encontraba Gendo Ikari con la Dra. Naoko Akagi, quien por aquel entonces diseñaba el Super-ordenador Biológico MAGI para controlar la parte tecnológica de dicha organización. Encima de GEHIRN se empezaba a construir la tercera ciudad de TOKYO, que se llamó TOKYO-3.
En el año 2004 se empiezan a terminar las unidades EVANGELIONS y la encargada de realizar las pruebas de sincronización es Yui Ikari, pero durante el proceso, el segundo prototipo absorbe el alma de Yui tras alcanzar el 400% de sincronización. Tras la muerte de su esposa, Gendo desaparecería una semana de la organización, pero con su vuelta traería nuevos proyectos, el llamado "Plan de Complementación Humana", esto después de una reunión con SEELE.
Ya en el 2008, la Dra. Naoko Akagi terminaría el Super-ordenador Biológico MAGI, aplicándoselo a la nueva sala de controles, y su hija Ritsuko obtendría un puesto en GEHIRN para trabajar en el "Proyecto E."
En el año 2010 la Dra. Akagi se suicidaría en la misma sala de controles, después de asesinar a la primera piloto. Ese mismo día, bajo el mando de KEEL LORENTZ, SEELE desmanteló la Organización de Investigación GEHIRN y creó la Organización Especial NERV para continuar con todos sus planes.
En el 2015 aparecería el Tercer Ángel. Y con este, el principio de la serie que todos conocemos...
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